KSeF w medycynie obejmuje od 1 lutego 2026 r. odbiór faktur kosztowych, a od 1 kwietnia 2026 r. wystawianie większości faktur B2B przez podmioty medyczne. Lekarze zwolnieni z VAT także podlegają temu obowiązkowi w relacjach z firmami, natomiast faktury dla pacjentów indywidualnych (B2C) pozostają poza systemem. Konfiguracja dostępu i przekazanie obsługi biuru rachunkowemu zajmuje zwykle 5–10 minut miesięcznie.

Czym jest KSeF i jak działa w praktyce medycznej?

Krajowy System e-Faktur (KSeF) to rządowy system wystawiania i przechowywania faktur elektronicznych przez 10 lat. W rozliczeniach B2B zastępuje obieg faktur papierowych i PDF-owych, np. między gabinetem a laboratorium, dostawcą sprzętu lub NFZ.

Lekarz, gabinet albo przychodnia przygotowuje fakturę w programie księgowym lub w portalu KSeF. Dokument jest przesyłany w strukturze XML, a po przyjęciu system nadaje mu numer KSeF. Faktura trafia do odbiorcy oraz do systemu Ministerstwa Finansów.

Faktury wystawiane pacjentom indywidualnym są rozliczane poza KSeF na zasadach właściwych dla sprzedaży B2C.

Kiedy KSeF staje się obowiązkowy dla podmiotów medycznych? Terminy dla księgowości medycznej

Obowiązek jest wprowadzany etapami. Największe podmioty, których obrót w 2024 r. przekroczył 200 mln zł, wystawiają faktury w KSeF od 1 lutego 2026 r. Większość gabinetów, przychodni, laboratoriów i aptek przechodzi na wystawianie faktur B2B od 1 kwietnia 2026 r.

Obowiązek odbierania faktur kosztowych od 1 lutego 2026 r.

Nawet podmiot, który zacznie wystawiać własne faktury przez KSeF dopiero 1 kwietnia 2026 r., musi od 1 lutego 2026 r. mieć możliwość odbioru faktur kosztowych przesłanych przez dostawców w systemie.

Dotyczy to m.in. faktur za sprzęt, usługi laboratoryjne, najem czy inne zakupy związane z działalnością gabinetu. Dostęp do KSeF należy więc skonfigurować przed terminem obowiązkowego wystawiania własnych dokumentów.

Które faktury medyczne nie podlegają KSeF? Zwolnienia i wyjątki w księgowości medycznej

Poza KSeF pozostają przede wszystkim faktury wystawiane pacjentom, czyli osobom fizycznym nieprowadzącym działalności gospodarczej. Prywatna konsultacja, wizyta lub zabieg opłacony przez pacjenta to sprzedaż B2C, którą można udokumentować fakturą poza systemem.

Do 31 grudnia 2026 r. obowiązuje także przejściowe zwolnienie kwotowe dla faktur B2B wystawianych poza KSeF. Dotyczy ono sytuacji, gdy miesięczna wartość takich faktur nie przekracza 10 000 zł. Limit obejmuje sumę sprzedaży w miesiącu, a nie wartość pojedynczego dokumentu.

Do końca 2026 r. do KSeF nie trzeba też przekazywać paragonów z kas fiskalnych. Od 2027 r. zasady dokumentowania sprzedaży z użyciem kas i faktur będą wymagały dostosowania do obowiązujących przepisów.

Zwolnienie kwotowe i wyłączenie sprzedaży B2C to odrębne zasady. Nie dotyczą odbioru faktur kosztowych od dostawców.

Czy lekarz zwolniony z VAT musi stosować KSeF?

Tak. Lekarz korzystający ze zwolnienia z VAT podlega KSeF przy fakturach wystawianych w relacjach B2B. Zwolnienie z VAT nie zwalnia z obowiązku korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur.

Faktury wystawiane do NFZ są traktowane jako transakcje B2B, dlatego powinny trafić do KSeF. Ta sama zasada dotyczy faktur dla laboratoriów, innych gabinetów i pozostałych kontrahentów prowadzących działalność gospodarczą.

Nie dotyczy to faktur dla pacjentów indywidualnych. Do końca 2026 r. część faktur B2B może korzystać z opisanego wcześniej zwolnienia do 10 000 zł miesięcznie.

Jak lekarz wystawia fakturę w KSeF? Proces i wymagania techniczne

Fakturę można wystawić w programie księgowym połączonym z KSeF albo bezpośrednio w portalu Ministerstwa Finansów. Program przekazuje dane dokumentu do systemu, a po jego przyjęciu odbiera nadany numer KSeF.

Procedura polega na wpisaniu danych nabywcy, usługi i kwot, a następnie wysłaniu faktury do KSeF. Po przyjęciu dokumentu system nadaje mu unikalny numer, który należy wskazać w tytule przelewu, aby płatność można było powiązać z konkretną fakturą.

Dostęp do systemu wymaga potwierdzenia tożsamości. Najczęściej wykorzystuje się:

• Profil Zaufany,
• e-Dowód,
• kwalifikowany podpis elektroniczny.

Profil Zaufany jest dla większości lekarzy najprostszą, bezpłatną metodą logowania dostępną online. Przy korzystaniu z programu księgowego użytkownik nie musi samodzielnie pracować ze strukturą XML ani interfejsem technicznym systemu.

Faktury przyjęte przez KSeF są przechowywane w systemie przez 10 lat. Można je pobrać z portalu w razie kontroli albo potrzeby sprawdzenia rozliczeń.

Biuro rachunkowe, takie jak BR Progres, może skonfigurować dostęp i prowadzić wystawianie dokumentów w ramach obsługi księgowej. Po stronie lekarza pozostaje przekazanie danych do faktury, co zwykle zajmuje 5–10 minut miesięcznie.

Najczęściej zadawane pytania