Jak rozliczyć kontrakt z NFZ prowadząc prywatną praktykę lekarską? Dowiedz się, jak zadbać o aspekty księgowe i podatkowe

Dla każdego lekarza, który prowadzi prywatną praktykę lekarską, jednocześnie współpracując z Narodowym Funduszem Zdrowia kwestie księgowe oraz podatkowe mogą bez dwóch zdań stać się niemałym wyzwaniem. Należy więc zadać sobie pytanie, jak skutecznie połączyć oba źródła przychodu, uniknąć błędów w rozliczeniach i zoptymalizować obciążenia podatkowe? Poznaj kompleksowe wskazówki, które pomogą Ci sprawnie zarządzać finansową stroną Twojej działalności medycznej!

Formy prowadzenia działalności medycznej a rozliczanie kontraktu z NFZ

Indywidualna praktyka lekarska to najprostszy sposób na prowadzenie działalności medycznej – pozwala świadczyć usługi zarówno prywatnie, jak i w ramach kontraktu z NFZ. Jeśli lekarz pracuje w kilku miejscach, lepszym rozwiązaniem będzie indywidualna specjalistyczna praktyka lekarska, która daje możliwość przyjmowania pacjentów w różnych lokalizacjach. Natomiast grupowa praktyka lekarska sprawdzi się, gdy kilku specjalistów chce działać razem – to dobre rozwiązanie zwłaszcza przy większych kontraktach z NFZ.

Z kolei prowadzenie podmiotu leczniczego w formie spółki (cywilnej, jawnej, partnerskiej czy kapitałowej) daje większe możliwości rozwoju, ale wiąże się z bardziej skomplikowanymi rozliczeniami i dodatkowymi obowiązkami administracyjnymi.

Wybierając formę działalności, warto wziąć pod uwagę nie tylko podatki, ale także wymogi NFZ dotyczące personelu, sprzętu i lokalu. Kontrakt z NFZ wiąże się z określonymi obowiązkami – m.in. prowadzeniem dokumentacji medycznej i raportowaniem. W przypadku indywidualnej praktyki lekarz rozlicza się z NFZ w ramach swojego PIT-u. W spółkach kapitałowych sprawa wygląda inaczej – najpierw podatek CIT płaci spółka, a potem, przy wypłacie zysków, dochodzi jeszcze PIT od dywidendy.

Zasady rozliczania kontraktów z NFZ – obowiązki sprawozdawcze i finansowe

Podpisanie umowy z NFZ to dopiero początek – każdy lekarz, który ma kontrakt z Funduszem, musi co miesiąc przesyłać szczegółowe raporty o wykonanych świadczeniach. Raportowanie odbywa się przez system informatyczny i obejmuje informacje o pacjentach, przeprowadzonych zabiegach, postawionych diagnozach i użytych lekach. Po zaakceptowaniu raportu przez NFZ można wystawić fakturę – dopiero ona jest podstawą do wypłaty środków.

Jak wygląda proces rozliczeń z NFZ? Kluczowe kroki to:

• regularne i terminowe raportowanie świadczeń w systemie NFZ,
• wystawianie faktur zgodnie z zatwierdzonymi raportami,
• prawidłowe oznaczanie faktur numerem umowy z NFZ,
• przestrzeganie terminów rozliczeń zapisanych w umowie (zwykle od 14 do 30 dni),
• oddzielne raportowanie świadczeń wykonanych ponad limit (tzw. nadwykonań),
• wystawianie faktur korygujących, jeśli NFZ zakwestionuje część świadczeń,
• przechowywanie dokumentacji związanej z kontraktem przez co najmniej 5 lat.

Każda faktura musi być zgodna z obowiązującymi przepisami – NFZ wymaga m.in. oznaczenia zgodnie z rozporządzeniem Ministra Finansów dotyczącym kas rejestrujących. Co bardzo ważne, należy mieć na uwadze wszelkie terminy płatności, ponieważ są one ściśle określone w umowie. 

Problem pojawia się przy nadwykonaniach. Musisz mieć z tyłu głowy fakt, że NFZ nie ma obowiązku ich pokrycia, a wszystko zależy od budżetu i decyzji dyrektora oddziału wojewódzkiego. Ponadto, jeśli Fundusz podważy część rozliczenia, jako lekarz musisz wystawić fakturę korygującą. Wystawiając faktury, pamiętaj więc, że im mniej nieścisłości, tym mniejsze ryzyko problemów z płatnościami i konieczności poprawiania dokumentów.

Jak prowadzić księgowość w prywatnej praktyce lekarskiej?

Jeśli prowadzisz prywatną praktykę lekarską, to księgowość możesz prowadzić na dwa sposoby – w postaci podatkowej księgi przychodów i rozchodów, czyli KPiR, czy też ksiąg rachunkowych, jeśli Twoje przychody netto przekroczą 2 mln euro rocznie. W przypadku pierwszej z opcji najważniejsze jest, aby pamiętać o chronologicznym ewidencjonowanie wszystkich operacji gospodarczych z podziałem na przychody i koszty. Istotne jest też prawidłowe dokumentowanie przychodów z kontraktu NFZ – a podstawą są tu faktury wystawiane zgodnie z miesięcznym rozliczeniem świadczeń. 

A co z pacjentami prywatnymi? W ich przypadku lekarz musi wystawiać paragony fiskalne albo faktury – jeśli pacjent o to poprosi. Dobra wiadomość jest taka, że usługi medyczne mające na celu profilaktykę, zachowanie, ratowanie, przywracanie i poprawę zdrowia są zwolnione z VATu na podstawie art. 43 ustawy o VAT, więc nie trzeba prowadzić dodatkowej ewidencji dla skarbówki.

Przeczytaj także nasz artykuł: Lekarz a kasa fiskalna – co trzeba wiedzieć w 2025 roku? 

Największe wyzwanie księgowe pojawia się przy rozliczaniu kosztów, zwłaszcza gdy działalność łączy wizyty prywatne i usługi na NFZ. Wydatki trzeba podzielić na te, które dotyczą wyłącznie praktyki prywatnej, wyłącznie kontraktu NFZ oraz te wspólne. Koszty wspólne, do których możesz zaliczyć na przykład wynajem gabinetu, zakup sprzętu czy ubezpieczenie OC, wymagają zastosowania klucza podziału – najczęściej według proporcji przychodów lub czasu pracy. 

Optymalizacja podatkowa w praktyce lekarskiej – jak minimalizować obciążenia fiskalne?

Jeśli prowadzisz praktykę lekarską, łączącą kontrakt z NFZ i wizyty prywatne, warto zastanowić się nad sposobami optymalizacji podatkowej, a pierwszym krokiem wartym podjęcia jest wybór formy opodatkowania. Możesz rozliczać się na zasadach ogólnych (12% i 32%), podatkiem liniowym (19%) albo ryczałtem (14% dla usług medycznych). Każda opcja ma swoje plusy i minusy – najlepiej dopasować ją do swojej sytuacji. Jeśli masz spore koszty, korzystniejsze mogą być zasady ogólne lub podatek liniowy, bo pozwalają na ich odliczenie. Z kolei przy niskich kosztach ryczałt może okazać się bardziej opłacalny, zwłaszcza po ostatnich zmianach podatkowych.

Warto też sprawdzić, czy możesz skorzystać z ulg. Na start dostępne jest zwolnienie z ZUS przez 6 miesięcy, a potem przez kolejne dwa lata można opłacać składki w preferencyjnej wysokości. 

Przy optymalizacji podatkowej nie można zapominać o inwestycjach w sprzęt. Nie zapomnij jednak, że urządzenia droższe niż 10 000 zł podlegają amortyzacji, ale zamiast kupować, warto rozważyć leasing – szczególnie jeśli chodzi o kosztowne wyposażenie gabinetu. Należy jednak pamiętać, że optymalizacja podatkowa musi być zgodna z przepisami. Zbyt agresywne działania mogą skończyć się problemami ze skarbówką i wysokimi karami. 

Potrzebujesz wsparcia w zakresie doradztwa podatkowego? Skontaktuj się z ekspertami BR Progres – zadbamy o optymalizację podatkową Twojej prywatnej praktyki lekarskiej!